Mislintat war 2006 bis 2017 Chefscout beim Tabellenvierten. In dieser Zeit entdeckte er unter anderem Robert Lewandowski. Danach war Mislintat in dieser Funktion auch beim FC Arsenal und als Sportdirektor beim VfB Stuttgart tätig.
Von Mai bis September 2023 arbeitete er als Sportdirektor beim niederländischen Rekordmeister Ajax Amsterdam, nach einigen Unstimmigkeiten erfolgte die schnelle Trennung.