Der 33-Jährige vom Team Lotto-Soudal war im Massensprint der dritten Etappe nach 171,9 Kilometern von Beveren nach Ardooie schlecht positioniert und wurde Sechster, unmittelbar dahinter kam Rüdiger Selig (Zwenkau/Katjuscha) ins Ziel. Den Sieg sicherte sich Ex-Weltmeister Tom Boonen (Belgien).
In der Gesamtwertung führt weiterhin der Niederländer Jesper Asselman (Roompot). Greipel hatte am Vortag das zweite Teilstück mit Start und Ziel in Breda gewonnen. Zum Auftakt am Montag hatte der vierfache Etappengewinner der diesjährigen Tour de France in einem chaotischen Finale nur Rang vier belegt.
Am Donnerstag steht auf der vierten Etappe ein 14 Kilometer langes Einzelzeitfahren in Hoogerheide an.