Phil Foden (53.), Julian Alvarez per Foulelfmeter (64.) und Bernardo Silva (86.) drehten die Partie in der zweiten Halbzeit. Jack Harrison hatte Everton in Führung gebracht (29.).
City dominierte zwar das Spiel nach Belieben, ließ ohne den schmerzlich vermissten Torjäger Erling Haaland aber zu viele Großchancen liegen.
"Haaland fühlt sich besser, aber er hat noch keine einzige Trainingseinheit mit uns absolviert. Hoffentlich kann er im Januar wieder zu uns stoßen" sagte Pep Guardiola vor der Partie.
Einen Arbeitssieg feierte auch der FC Chelsea. Die Londoner besiegten Crystal Palace dank der Treffer von Mychajlo Mudryk (13.) und Noni Madueke (89., per Foulelfmeter) mit 2:1 (1:1). Der ehemalige Leipziger Christopher Nkunku feierte nach seiner Knieverletzung sein Startelf-Debüt in der Premier League.