Der 28-Jährige erlitt im Training am Donnerstag eine Muskelsehnen-Verletzung im rechten Oberschenkel.
Dies wurde bei einer MRT-Untersuchung diagnostiziert. Die Ausfallzeit für den Südamerikaner beträgt sechs bis acht Wochen.
Unter Neutrainer Hannes Wolf hatte der Angreifer gerade erst wieder zu alter Treffsicherheit zurückgefunden. Beim Wolf-Debüt gegen Schalke traf er direkt nach vorher nur einem Tor in 15 Partien, am vergangenen Wochenende legte er nach seiner Einwechslung gegen Frankfurt nach.
Drei Spieltage vor Saisonende liegt Bayer sechs Punkte hinter Platz vier, der zur Teilnahme an der Champions League berechtigt.