Der Kolumbianer war 2015 vom FC Granada aus der spanischen Primera Division zu den 05ern gewechselt. Seitdem absolvierte der 24-Jährige 51 Bundesligaspiele und erzielte dabei zehn Tore.
Cordoba wird bereits am Montag ins Training der Geißböcke einsteigen. "Jhon Cordoba ist ein Zentrumsstürmer mit Tempo, Robustheit und Zug zum Tor. Er hat für sein Alter schon viel Erfahrung gesammelt, darüber hinaus sehen wir in ihm noch großes Entwicklungspotenzial", sagte FC-Geschäftsführer Jörg Schmadtke.
Vor der Bekanntgabe von Cordobas Verpflichtung hatte Köln die Verhandlungen mit dem chinesischen Super-League-Klub Tianjin Quanjian wegen eines möglichen Wechsels von Torjäger Anthony Modeste nach China für gescheitert erklärt.